连接对象功能用于将两个独立绘制的化学结构连接为一个连续结构。通过连接对象操作，用户无需重新绘制连接部分，即可快速完成分子片段拼接、结构扩展以及复杂分子的构建。该功能支持连接原子节点和化学键对象。
节点连接
使用选择工具，按住 Shift 键框选两个结构中需要连接的节点，在浮动工具栏中选择「连接对象」，系统会自动识别两个结构中对应的连接位置，并完成结构连接。
该方式适用于逐步构建复杂分子结构。
化学键连接
使用选择工具，按住 Shift 键框选两个结构中选择需要连接的化学键，同样时在浮动工具栏中选择「连接对象」，系统会根据键的位置自动完成连接。
