当同时选中多个对象时，浮动工具栏中会自动显示「对齐工具」，可用于快速整理结构、文本、图框等对象的位置关系。也可以通过顶部菜单栏「对象」→「对齐」进行设置。特别适用于整理反应路线、多个结构式以及带文字标注的图示。
支持的对齐方式如下：
| 功能 | 说明 | 左对齐 | 按对象左边缘对齐 | 水平居中对齐 |
|---|---|---|---|---|
| 按对象中心水平对齐 | 右对齐 | 按对象右边缘对齐 | 上对齐 | 按对象顶部对齐 |
| 垂直居中对齐 | 按对象中心垂直对齐 | 下对齐 | 按对象底部对齐 | 水平等距分布 |
| 使多个对象在水平方向保持相等间距 | 垂直等距分布 | 使多个对象在垂直方向保持相等间距 | 自动分布 | 自动调整多个对象的位置，使整体布局更加均匀 |