ChemDraft 提供多种原子显示方式，可根据绘图规范和实际需求，灵活控制结构中碳原子和氢原子的显示效果。原子显示方式仅影响结构的显示形式，不改变分子的连接关系和化学属性。
碳原子显示
ChemDraft 支持多种碳原子显示方式，可根据绘图需求控制结构中碳原子元素符号（C）的显示效果。
选中需要设置的结构后，可通过浮动工具栏「更多」→「显示碳原子」打开设置菜单。软件提供默认、全部显示和末端显示三种显示模式。
| 模式 | 说明 |
|---|---|
| 默认 | 隐藏所有碳原子符号，采用骨架式（线角式）表示结构。 |
| 全部显示 | 显示结构中所有碳原子的元素符号 C |
| 显示结构中所有碳原子的元素符号 C。 | 显示结构中所有碳原子的元素符号 C。 |
| 末端显示 | 仅显示结构末端的碳原子元素符号，其余碳原子仍采用骨架式表示 |
除了整体设置显示模式外，还可以单独将某个碳原子显示为元素符号 C。
将鼠标悬停在目标原子节点上，当节点显示蓝色圆点时，按键盘 C 键即可将该位置设置为显式碳原子；也可以在元素周期表中选择 C（碳） 元素后，再单击目标原子完成设置。该操作仅影响当前选中的原子，不会改变结构中其他碳原子的显示状态。
氢原子显示
ChemDraft 支持切换结构中已显示氢原子的显示状态，可根据绘图需求快速隐藏或恢复氢原子的显示。
选中需要设置的结构后，可通过浮动工具栏「更多」→「切换氢原子显示」进行切换。
该功能仅对已经以单键形式显示的氢原子生效。选中包含显式氢原子的结构后，执行「切换氢原子显示」命令，可将这些氢原子隐藏；再次执行该命令，则会重新显示已隐藏的氢原子。
该功能仅改变氢原子的显示状态，不影响结构的连接关系、化学属性及氢原子的数量。