ChemDraft 支持多种化学结构文件格式导入。用户无需进行格式转换，只需在主界面点击”打开”，选择对应文件即可载入画板，并对导入内容进行继续编辑。
导入后的内容会转换为 ChemDraft 可编辑对象，包括化学结构、化学键、原子信息、文本以及相关绘图元素，用户可以根据需要进行修改、调整和重新排版。
ChemDraft 支持以下化学结构文件格式：
| 文件格式 | 扩展名 | 说明 |
|---|---|---|
| ChemDraft 文件 | .scix | ChemDraft 原生文件格式，保存完整绘图信息 |
| MDL Molfile | .mol | 通用单分子结构交换格式 |
| MDL SDfile | .sdf、.sd | 支持多个结构及数据存储的化学文件格式 |
| CDXML 文件 | .cdxml | ChemDraw XML 格式文件 |
| CDX 文件 | .cdx | ChemDraw 二进制格式文件 |