ChemDraft 支持根据结构中的立体化学信息自动标注立体构型，包括原子立体构型（R/S）和键立体构型（E/Z）。自动标注结果可用于检查结构的立体化学信息，也可用于论文、专利和教学资料的绘制。
选中需要标注的结构后，可通过浮动工具栏「更多」→「立体构型」→「显示原子立体构型」或「显示键立体构型」进行标注。
显示原子立体构型（R/S）
「显示原子立体构型」用于标注手性中心的绝对构型。执行该命令后，软件将根据当前结构中的立体化学信息自动判断各手性中心，并在对应原子附近显示 R 或 S 标记。
生成的 R/S 标记可使用“选择工具”进行框选，并拖拽至合适位置，以避免与结构或其他标记重叠，提高结构图的可读性。
再次执行该命令，可取消显示相应的立体构型标记。
显示键立体构型（E/Z）
「显示键立体构型」用于标注双键的空间构型。执行该命令后，软件会根据双键两侧取代基的优先级自动判断构型，并在对应双键附近显示 E 或 Z 标记。
生成的 E/Z 标记同样可使用“选择工具”进行框选，并拖拽至合适位置，以便根据排版需要调整标记位置。
再次执行该命令，可取消所有 E/Z 标记。
